Institut za filozofiju utemeljen je odlukom Savjeta Sveučilišta u Zagrebu 27. lipnja 1967. godine. Osnovna je zadaća znanstvenoistraživački rad u području filozofije. Posebna je zadaća Instituta istraživanje povijesti i suvremenosti hrvatske filozofije, kao i povijesti i suvremenosti svjetske filozofije, prikupljanje i obrada građe koja se odnosi na povijest hrvatske filozofije, prevođenje i objavljivanje filozofskih djela. Djelatnost Instituta započinje na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Ravnatelj Instituta bio je prof. dr. Vladimir Filipović. U početku je zaposleno 6 znanstvenika i jedan administrativni djelatnik.

Godine 1977. Institut za filozofiju pripojen je Centru za povijesne znanosti, kao Odjel za povijest filozofije. Institut je preseljen na adresu: Krčka 1, Zagreb. Predstojnik je Odjela prof. dr. Vladimir Filipović, stalno zaposlenih znanstvenika bilo je 8 i 2 administrativno-računovodstvena djelatnika. Dana 17. rujna 1991. godine Savjet Instituta za povijesne znanosti donosi odluku o preustroju, kojim Odjel za povijest filozofije nastavlja samostalno djelovanje kao Institut za filozofiju Sveučilišta u Zagrebu.

Institut je premješten na adresu Ulica grada Vukovara 54, 10000 Zagreb. Rješenjem od 24. rujna 1991. Ministarstvo znanosti potvrdilo je osnivanje Instituta za filozofiju i uvelo ga u Upisnik znanstvenoistraživačkih ustanova pod brojem 191. Ravnatelj Instituta od 1991. je dr. Pavo Barišić, a od 12. rujna 2001. vršitelj je dužnosti ravnatelja Instituta dr. Srećko Kovač. 31. ožujka 2002. dr. Kovač prestaje obnašati dužnost v. d. ravnatelja. Ravnatelj Instituta od 1. travnja 2002. do 31. ožujka 2006. bio je dr. Stipe Kutleša. Na sjednici održanoj 27. ožujka 2006. Upravno vijeće Instituta za filozofiju donijelo je odluku, kojom se dr. sc. Ivica Martinović, znanstveni savjetnik, imenuje ravnateljem Instituta za filozofiju na vrijeme od četiri godine. Novoimenovani ravnatelj stupio je na dužnost 1. travnja 2006.
Danas Institut za filozofiju broji 15 znanstvenika i 9 znanstvena novaka, te 5 djelatnika zajedničkih poslova.